打败许瑞德后，忍者龟们成了城市英雄，但一份来自外星的神秘信号却让他们曾经的盟友变节。
在成功守护纽约后，忍者龟四兄弟过上了偶像般的生活，接代言、上综艺，甚至有了各自的粉丝团。然而平静被打破，外星科技公司“克朗工业”宣布要帮助地球净化污染，实则在地底埋设传送门。更糟的是，爱普莉尔和斯普林特大师突然失踪，留下的线索指向他们曾经的好友——凯西·琼斯。凯西被改造成了半机械变种人，奉命追杀忍者龟。战斗中米开朗基罗被擒，其余三人发现变种源正在被逆向提取，所有纽约的变种动物都将退化成普通生物。为了救回兄弟和师父，李奥纳多必须重新学会当一个真正的领袖，而不是网红。
虽然是动画，探讨的主题却相当成人：名利腐蚀与身份认同。动作戏设计行云流水，尤其是下水道追逐战的长镜头令人窒息。对凯西·琼斯的黑化处理充满悲剧色彩，结尾彩蛋暗示了更大的宇宙观，粉丝必看。
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